ედუარდ შევარდნაძის მმართველობის დასაწყისში, უცხოური ფონდებიდან დაფინანსებულმა ჯგუფებმა საქართველოში სხვადასხვა რელიგიური კონფესიებისა და სექტების უფლებების დაცვა დაიწყეს. მოგვიანებით, ტრადიციული რელიგიებისა თუ სექტების წარმომადგენლობამ საქართველოში ძლიერი დასაყრდენიც იშოვეს. შეიქმნა ,,თავისუფლების ინსტიტუტი და საქართველოში, მართლმადიდებელთა უფლებების დარღვევის ხარჯზე, რელიგიურ უმცირესობათა დაცვის საქმე ფართოდ გაიშალა.
მიხეილ სააკაშვილის რეჟიმის დროს აიშვეს ე.წ ლიბერტარიანელებმა - გიგა ბოკერიას უკვე სახელისუფლებო დაჯგუფების წევრებმა და ფეხქვეშ გათელეს მართლმადიდებელი მრევლისა და ეკლესიის უფლებები.
თეოლოგმა და სოციალურ მეცნიერებათა დოქტორმა, ლაშა ცაიშვილმა ,,ქრონიკას" მიაწოდა საქართველოში მართლმადიდებელთა უფლებების დარღვევის ფაქტები:
1) 2004 წლის 23 სექტემბერს, მანგლისის ეპარქიაში, ეკონომიკის სამინისტრომ გაყიდა ტერიტორია, რომელზეც მთავარანგელოზ მიქაელის სახელობის ტაძარი მდებარეობდა. ახალმა მეპატრონემ ტაძარში ღვთისმსახური მამა გიორგი არ შეუშვა, რა დროსაც სასულიერო პირის სიტყვიერ და ფიზიკურ შეურაცხყოფას ჰქონდა ადგილი. ცხადია, ეს ამბავი ხელისუფლებას არ გაუხმაურებია და არც დაზარალებულ სასულიერო პირს გამოქომაგებია ვინმე.
2) 2004 წელს, აღდგომის დიდმარხვაში, ბოლნისის რაიონის სოფელ ცურტავში მდებარე ქეთევან წამებულის ტაძრის კარიბჭეზე, ადგილობრივმა მუსულმანმა ფანატიკოსებმა ცხვრის ლეში დაკიდეს, რითაც მართლმადიდებლური სიწმინდე შეურაცხჰყვეს. ამის მიზეზი კი ის იყო, რომ იმ დღეს 60 ადგილობრივი მუსულმანი მართლმადიდებლად მოინათლა და ბოლნისელი მუსულმანები გაღიზიანდნენ. თუმცა, ამ ფაქტს გამოხმაურება არ მოჰყოლია.
3) 2004 წლის 1 ივნისს, კუმურდოსა და ახალქალაქის ეპარქიაში, სოფელ ფოკაში, ღია ცის ქვეშ მდებარე ტრაპეზზე საქართველოს კათალიკოს-პატრიარქი ღვთისმსახურებას ატარებდა. ამ დროს იქ ადგილობრივი სომხები მივიდნენ, რომლებიც ამბობდნენ, რომ ის ტერიტორია სომხეთს ეკუთვნოდა და მათ იქაურობა უნდა დაეტოვებინათ. ამ პროვოკაციას კონფლიქტი მოჰყვა - სომხებმა მრევლის ავტობუსები გადაატრიალეს პატრიარქზე იწევდნენ. ამის მიუხედავად, ეს შემთხვევა საზოგადოების განსჯის საგანი არ გამხდარა.
4) 2004 წელს, თბილისში, ვერაზე მდებარე წმინდა პანტელეიმონის ეკლესიაში სტუმრად ბრძანდებოდნენ ანგლიკანური ეკლესიის სასულიერო პირები, რომელთაც მოლოცვის შემდეგ, საკურთხეველში შესვლის სურვილი გამოთქვეს, რაზეც, მართლმადიდებლური კანონიკის თანახმად, უარი მიიღეს. მართლმადიდებლური კანონიკის მიხედვით, საკურთხეველში შესვლა კურთხევის გარეშე მართლმადიდებლებისთვისაც დაუშვებელია. მიუხედავად ამისა, ამ ფაქტიდან მეორე დღესვე ,,საზოგადოებრივ მაუწყებელზე" სახალხო დამცველისა და ,,თავისუფლების ინსტიტუტის" წარმომადგენლებმა საქართველო რელიგიურ შეუწყნარებლობაში დაადანაშაულეს, თუმცა, მართლმადიდებელთა უფლებები არავის გახსენებია.
5) 2005 წელს, რუსთავში, აღდგომის დიდმარხვაში, უცნობმა პირებმა შებღალეს საძმო სასაფლაო, შეურაცხჰყვეს ქრისტიანული სიწმინდეები და დაამტვრიეს ორმოცამდე საფლავის ჯვარი. ამ ვანდალიზმის გამოძიებითაც არავის მოუკლავს თავი.
6) 2005 წელს, სახალხო დამცველის ოფისში დაიბარეს ის ჟურნალისტები, რომლებიც მართლმადიდებლობის მიმართ დადებითი დამოკიდებულებით გამოირჩეოდნენ, ლექცია-სემინარი ჩაუტარეს და კატეგორიულად მოსთხოვეს, რომ მართლმადიდებლური თემები დადებით კონტექსტში აღარ გაეშუქებინათ და სხვა კონფესიების შესახებ მხოლოდ პოზიტიური კუთხით ეწერათ.
7) 2005 წელს, ჯანდაცვის სამინისტროს საზოგადოებრივი ჯანდაცვის დეპარტამენტმა, განათლების სამინისტრომ და ადვენტისტთა დახმარების და განვითარების სააგენტომ, ერთდროულად ანტინიკოტინური აქცია განახორციელეს, რომლებიც თვალის ასახვევად გამოიყენეს ადვენტისტებმა. 3-4 ლექციის შემდეგ, ისინი თავიანთ მოძღვრებას ქადაგებდნენ და ნიკოტინი საერთოდ აღარ ახსოვდათ.
8) 2005 წლის 31 მარტს, ისტორიის მუზეუმ ,,ქარვასლაში" გაიხსნა მხატვართა ერთი ჯგუფის გამოფენა, სახელწოდებით ,,სადილი ყველას." საგამოფენო დარბაზში იდგა უნიტაზი, რომელზეც წმინდა სახარება იდო...
9) 2006 წლის 10 მარტს ახალქალაქში, ადგილობრივმა სომხებმა საპროტესტო აქცია მოაწყვეს წალკაში სომეხი ახალგაზრდის მკვლელობის გამო. აქციის მონაწილეები უნივერსიტეტის შენობაში შეიჭრნენ და დაარბიეს, შემდეგ კუმურდოსა და ახალქალაქის ეპარქიაში იარაღს ეძებდნენ.
10) 2006 წლის 14 მარტს, მამა მიქაელ ბოტკოველმა განაცხადა, რომ ,,საზოგადოებრივ მაუწყებელზე" ერთ-ერთ გადაცემაში მისი მიწვევის შემდეგ, რამდენიმე ჟურნალისტი სამსახურიდან გაათავისუფლეს. არხის მაშინდელმა გენერალურმა დირექტორმა, თამარ კინწურაშვილმა, საჯაროდ უარყო ჟურნალისტების განთავისუფლება, თუმცა, ცნობილია, რომ კინწურაშვილს ნათქვამი ჰქონდა, ,,აქ ანაფორიანი არავინ დავინახოო."
11) 2006 წლის 2 ივლისს, დმანისის ეპარქიაში შსს-ს ნიღბიანი და შეიარაღებული ოცდაათამდე ადამიანი შეიჭრა. სპეცრაზმელთა მეთაურმა, შეჭრის მიზეზად დამნაშავის ძებნა დაასახელა. ასევე, ორდერის გარეშე გაჩხრიკეს და ააწიოკეს მთელი სამონასტრო კომპლექსი და ერთი ბოდიშიც კი არ მოიხადეს.
12) 2008 წლის დეკემბერში, საქართველოში სტუმრად იმყოფებოდა სომხეთის პრეზიდენტი, სერჟ სარქისიანი. მან, სხვა სომეხმა სტუმრებმა და გოგა ხაჩიძემ, შეამტვრიეს ერთ-ერთი სადავო ეკლესიის კარი, რომელსაც სომხები იჩემებენ.
13) 2008 წლის 10 აგვისტოს, მცხეთის რაიონ სოფელ ქანდაში, უცნობმა პირებმა წმინდა გიორგის ტაძარი შეურაცხჰყვეს. ქანდაში საკმაოდ ბევრი სექტანტი ცხოვრობს და, სავარაუდოდ, ეს საშინელება მათ ჩაიდინეს.
14) 2008 წლის 9 ივლისს, ვაკე-საბურთალოს სასაფლაოზე, უცნობმა პირებმა ჯვრები დაამტვრიეს.
15) 2009 წლის ოქტომბერში, ,,თავისუფლების ინსტიტუტის" აღმასრულებელმა დირექტორმა, თეა თუთბერიძემ, ინტერნეტ-სივრცეში გაავრცელა პატრიარქის გაშარჟებული და შეურაცხმყოფელი ვიდეორგოლები. თუთბერიძემ განაცხადა, რომ ეს დამონტაჟებული ვიდეოები მას უცნობმა ადამიანმა გაუგზავნა. ხალხი აღშფოთდა. მოგვიანებით, ეკუმენისტური ჯგუფის წარმომადგენელმა, მღვდლობაშეჩერებულმა ბასილ კობახიძემ განაცხადა, რომ ეს ვიდეოები მან გაუგზავნა, თუმცა, თუთბერიძის მიმართ აგრესიის შენელება ვერ მოხერხდა. სახალხო დამცველთან ეკლესიასთან კონფლიქტში მყოფი პირები და ადამიანის უფლებათა დამცველები შეიკრიბნენ და დაასკვნეს, რომ თუთბერიძის გამოხატვის თავისუფლება დაცული უნდა ყოფილიყო. ეს სადავო არც არის, მაგრამ, მან რომ თავისი გამოხატვის უფლებით მილიონობით ადამიანის რელიგიური გრძნობები რომ შეურაცხყო, ამაზე არაფერი არ უნდა ვთქვათ?
