სტალინის წარმომავლობის შესახებ ურთიერთგამომრიცხავი ვერსიები უკვე წლებია ვრცელდება. სტალინის არაქართული გენეალოგიის მომხრეები მიიჩნევენ, რომ სტალინმა ერთ-ერთ ქართველ მეცნიერს შეუკვეთა კვლევა, რითაც ჯუღაშვილებისგვარი კახეთის რაიონის სოფელ ჯუგაანთან დააკავშირა. ის ფაქტი, რომ სტალინურ პერიოდში მოწყობილი გრანდიოზული ხოცვა-ჟლეტა პროცენტულად ყველაზე მეტად სწორედ ქართველებს შეეხო, ასევე, საქართველოს წიაღში ავტონომიების გამოცხადება და ქართული მიწების მეზობლებისთვის გადაცემა სწორედ ამ ავადსახსენებელ პერიოდს დაემთხვა, ზოგიერთებმა ჩათვალეს, რომ სტალინისმოქმედებაში გამჭოლი ხაზია ქართველოფობია. მართალია, ბავშვობისას იოსებ ჯუღაშვილი პატრიოტულ ლექსებს თხზავდა (ამის მაგალითია ილია ჭავჭავაძის მიერ დაბეჭდილი მისი ლექსი „დილა“), მაგრამ, როგორც კი სტალინი რუსეთში გადასახლდა, მაშინვე თავი რუსეთის მოქალაქედ გამოაცხადა და მშობლიურ ენადაც რუსული აღიარა. ვინ იყო სტალინი გვარტომობით, ამის გარკვევას თავის დროზე მიხეილ ჯავახიშვილი და გრიგოლ რობაქიძეც შეეცადნენ. მიხეილ ჯავახიშვილმა „ჯაყოს ხიზნებში“ ეს გააკეთა ლიტერატურული შეფარვით. კერძოდ, ერთ-ერთი მოსაზრებით, ამ რომანში წარმოდგენილი ჯაყო ჯივაშვილი იგივე ჯაყო ჯუღაშვილია, რომელმაც მარგოს სახით გათელა საქართველო. ხოლო თეიმურაზ ხევისთავი ენაბლუ ჟორდანიაა, რომელმაც ვერ დაიცვა საქართველო (მარგო) ველური ძალებისგან და უცხოეთში გაძევებული ელოდა, როდის დაიბრუნებდა საქართველოს პრემიერობას. ამას გულისხმობს რომანის ბოლო ფრაზაც - „ახლაც ელის ნაქმარევი ნაცოლარს“. რაც შეეხება გრიგოლ რობაქიძეს, მან თავის რომანში „ჩაკლული სული“ პირდაპირ დაგვისახელა, რომ სტალინის მამა ბესო ეროვნებით იყო ოსი, უფრო ზუსტად, ლილოელი ოსი.
„ვიწრო, სუსტად განვითარებული შუბლი... ულვაშებში ირონია, დაცინვა ჩამალულიყო, თითქოს სურდა ეთქვა, მე ვხვდები, რისი დამალვაც გინდა. სიცოცხლის მიმართ მტრულად იყო განწყობილი და ყველგან მტრები ელანდებოდა. სტალინის თავდაჭერა იოგებისას ჰგავდა, ხოლო მისი ირონია უბადლოიყო... მის ხასიათში იმთავითვე რაღაც უცხო გვარის ბოროტი თესლი ბუდობდა. ერთხელ ერთ შუკაში წიწილას ფეხი დააბიჯა. წიწილას ფეხი მოსტყდა და წივილით გაფრთხიალდა. სტალინი დაეწია და მთლად გასრისა, შენ მაინც აღარ ივარგებო“. („ჩაკლული სული“, სტალინის ჰოროსკოპი). გრიგოლ რობაქიძესვე ეკუთვნის სიტყვები „სტალინი მხოლოდ იმდენად იყო ქართველი, რამდენადაც საპირისპირო პოლუსი იყო ქართველობისა“.
ამისგან რადიკალურად განსხვავებული ვერსიებიც არსებობს, რომ სტალინი ამაყობდა თავისი ქართული წარმომავლობით და ამის შესახებ აღნიშნავდა კიდეც რუზველტთან, ჩერჩილთან და დე გოლთან შეხვედრისას. კიდევ ერთი ყოფითი დეტალი, 1943 წელს, როცა სამთა (რუზველტის, ჩერჩილისა და სტალინის) შეხვედრა უნდა შემდგარიყო, სტალინი თავად ეწვია ირანის შაჰს. ახალგაზრდა შაჰი მოულოდნელობისგან დაიბნა, მუხლებზე დაეცა, სტალინს მხსნელი უწოდა და ჩექმებზე კოცნიდა. სტალინმა იგი წამოაყენა, მაგრამ მიუბრუნდა იქვე მდგომ ქართველებს და ქართულად გადაულაპარაკა, აფსუს, სად არის ახლა გიორგი სააკაძე, მუხლმოდრეკილ შაჰს ხედავდესო.
ვერსია, რომ იოსებ ჯუღაშვილი არ იყო თავისი ოფიციალური მამის, მეწაღე ბესარიონ ჯუღაშვილის გენეტიკური შთამომავალი, ჯერ კიდევ მე-20 საუკუნის ოციან წლებში ფართოდ გავრცელდა. ამ ვერსიის თანახმად, სტალინის ბიოლოგიური მამა იყო გორელი იაკობ ეგნატაშვილი, კოლორიტული პიროვნება, დაუმარცხებელი მოკრივე და სახელგანთქმული თამადა. ქართველი ფილოსოფოსი, აკადემიკოსი შალვა ხიდაშელი (1911-1994) იგონებდა, „ეგნატაშვილებს შორის, რომლებსაც ხალხი სტალინის ძმებად თვლიდა, უფროსმა საშა ეგნატაშვილმა სტალინს ყველაზე ადრე მიაკითხა. სტალინმა მიიღო და ისეთ თანამდებობაზე გაგზავნა, საკუთარი რესტორნის მფლობელობა დაავიწყა. სწორედ საშა იაკობის ძეეგნატაშვილი იყო საბჭოთა კავშირის სამთავრობო დაცვის მთავარი სამმართველოს უფროსის მოადგილე, ხოლო მისი უმცროსი ძმა ვასილ ეგნატაშვილი -საბჭოთა კავშირის მესამე მოწვევის დეპუტატი, საქართველოს სსრ-ის ცენტრალური აღმასრულებელი კომიტეტის მდივანი 1938 წლიდან“.
სტალინი მზრუნველობდა ეგნატაშვილების ოჯახზე მაშინ, როცა მას არასოდეს გამოუჩენია თავი საკუთარი ოფიციალური მამის, ბესარიონ ჯუღაშვილის ნათესავების პატრონობით. 1939 წელს საბჭოთა კავშირ-გერმანიას შორის თავდაუსხმელობის პაქტის ხელმოწერისა და სტალინის იუბილესთან დაკავშირებით ჰიტლერმა სტალინს გერმანული მანქანა გაუგზავნა. სტალინი მასში არ ჩაჯდა და საშა ეგნატაშვილს გადაულოცა. როგორც ამბობენ, სოსო ჯუღაშვილი თავის ოფიციალურ მამას, ბესარიონს ყოველთვის გაურბოდა და ბესოს ნაადრევ სიკვდილს სოსოზე არანაირი დაღი არ დაუსვამს. ეს იმითაც იყო გამოწვეული, რომ ბესარიონ ჯუღაშვილმა, სტალინის მამამ, სმას უმატა, როცა ეკატერინე (კეკე) გელაძესთან შეძენილი პირველი ვაჟის, გიორგის შემდეგ მეორე ვაჟი, მიხეილიც დაეღუპა. გალოთებასთან ერთად მას ხასიათიც გაუფუჭდა. მამას სურდა, სოსო მეწაღედ გაეზარდა, დედამისს კი სურდა, მის ვაჟს სემინარია დაემთავრებინა. რაც შეეხება იაკობ ეგნატაშვილს, იგი სტალინის მამის, ბესარიონ ჯუღაშვილის მეგობარი და სტალინის მშობლების მეჯვარე ყოფილა. იაკობ ეგნატაშვილს სოსელოს უფროსი ძმებიც მოუნათლავს, რომლებიც ადრეულ ბავშობაში ტიფით დაღუპულან. კეკეს მისთვის უთქვამს, კარგი კაცი ხარ, იაკობ, მაგრამ მძიმე ხელი გაქვს და სოსოს შენ აღარ მოგანათვლინებო. ეს იაკობ ეგნატაშვილს არ სწყენია. სამაგიეროდ, იაკობი განსაკუთებულ ყურადღებას იჩენდა პატარა სოსოს მიმართ. სწავლის გადასახადსაც უხდიდა. ამ და სხვა გარემოებებმა მაშინდელ საზოგადებაში ეჭვი გააჩინა, თითქოს იოსებ სტალინი ეგნატაშვილის უკანონო შვილი იყო. ხმებს ისიც ამყარებდა, რომ სტალინმა ეგნატაშვილის ოჯახი არ დაივიწყა და იაკობის შვილი და შვილიშვილი საპასუხისმგებლო თანამდებობაზე დანიშნა. ზოგიერთების აზრით, შემთხვევითი არც ის არის, რომ სტალინმა თავის პირმშოს იაკობი უწოდა, ანუ იაკობ ეგნატაშვილის სახელი.
სტალინის წარმომავლობის შესახებ საკუთარ ვერსიაზე საუბრობს „სახალხო ფრონტის“ თავმჯდომარე ნოდარ ნათაძე. For.ge-სთან საუბარში ის აცხადებს, რომ სტალინის კავშირი ეგნატაშვილებთან საყოველთაოდ ცნობილია. სტალინს კრემლში ჰყავდა ეგნატაშვილები და კრემლში სტალინის კვების საკითხი ებარა ეგნატაშვილს, ანუ თავის ძმას. ერთი ძმა იყო მოსკოვში, მეორე ძმა-საქართველოში. მამამისი იაკობ ეგნატაშვილი რომ გარდაიცვალა, მაშინ კრემლში ადგნენ და შესვეს სამი ძმის სადღეგრძელო- ერთი სტალინის, მეორე -მეორე ძმის და მესამე -მესამე ძმის, ანუ სამგლოვიარო სუფრაზე სამჯერ ფეხზე ადგომით შესვეს სამი ძმის სადღეგრძელო.
„სტალინს იოსები რატომ ერქვა? რადგან მისი ფიზიკური მამა- იაკობ ეგნატაშვილი ღვინის ვაჭარი იყო, სირაჯი. მას სახელად იაკობი ერქვა. მოგეხსენებათ, ბიბლიური იოსები იაკობის შვილია, სტალინსაც იოსები ერქვა. ხოლო მეორე სახელად კობა იმიტომ ეწოდა, რომ ესეც მამის სახელი იყო, ანუ იაკობის. რატომღაც ზოგიერთები თვლიან, თითქოს სტალინს კობა იმიტომ ერქვა, რომ ალექსანდრე ყაზბეგი ჰქონდა წაკითხული და მოსწონდა მისი პერსონაჟი კობა. ეს სიმართლე არ არის, უბრალოდ, სტალინმა მამის სახელი კობა დაირქვა. სტალინის მამობილი, ბესარიონ ჯუღაშვილი „საპოჟნიკი“ იყო, მისი სურათი როცა მიუტანეს სტალინს, ბოღმით გადახია, დაყარა და არაფერი უთქვამს სურათის მიმტანისთვის. ოფიციალური მამის ხსოვნაც არ უნდოდა, სძულდა იგი, რადგან ბესო ჯუღაშვილი ლოთი იყო და სცემდა მას ბავშვობაში. სხვათა შორის, სტალინის სახლად რომ გააფორმეს გორში, ის მისი სახლი არ არის, რადგან სტალინის სახლი აღარ არსებობდა იმ დროს. თუმცა, რა თქმა უნდა, გორში დაიბადა სტალინი. მე ახლა სტალინის კულტს არ ვეხები, მაგრამ სტალინი იყო ერთადერთი სულიერი, რომელსაც ილია ჭავჭავაძემ დაუბეჭდა ლექსი თავის გაზეთში. საერთოდ, ილია დამწყებ პოეტებს არ ბეჭდავდა, მაგრამ სოსელოს პირადი შთამბეჭდაობა ჰქონდა და ილიამ ეს შეატყო. ამიტომაც გამოარჩია და არა იმიტომ, რომ ლექსი დადებითი შინაარსის იყო, ისწავლე ქართველოო“,-აღნიშნა ნოდარ ნათაძემ.